Ubuntu's global menu

Ubuntu - 15.10, 4.2.0-34-generic. 

PS -  message editing doesn't work - the Update button kind of disabled!

You still need to have jayatana package installed on your system

I have it, at least /usr/share/java/jayatanaag.jar exists. Is there anything else I should configure/install?

See https://youtrack.jetbrains.com/issue/IDEA-69424#comment=27-1314228 .

Try to uninstall it and then install again.

like this:

sudo apt-get --purge remove jayatana libjayatana libjayatanaag libjayatana-java libjayatanaag-java

and then 

sudo apt-get install jayatana

?

Didn't help. Full log:

me@my:~$ sudo apt-get --purge remove jayatana libjayatana libjayatanaag libjayatana-java libjayatanaag-java
[sudo] пароль для me:
Чтение списков пакетов… Готово
Построение дерева зависимостей
Чтение информации о состоянии… Готово
Заметьте, вместо «libjayatana» выбирается «jayatana»
Заметьте, вместо «libjayatanaag» выбирается «jayatana»
Заметьте, вместо «libjayatana-java» выбирается «jayatana»
Заметьте, вместо «libjayatanaag-java» выбирается «jayatana»
Следующие пакеты устанавливались автоматически и больше не требуются:
linux-headers-4.2.0-27 linux-headers-4.2.0-27-generic linux-image-4.2.0-27-generic linux-image-extra-4.2.0-27-generic
Для их удаления используйте «apt-get autoremove».
Пакеты, которые будут УДАЛЕНЫ:
jayatana*
обновлено 0, установлено 0 новых пакетов, для удаления отмечено 1 пакетов, и 14 пакетов не обновлено.
После данной операции, объём занятого дискового пространства уменьшится на 88,1 kB.
Хотите продолжить? [Д/н] Y
(Чтение базы данных … на данный момент установлено 321797 файлов и каталогов.)
Удаляется jayatana (2.7-0ubuntu4) …

me@my:~$ file /usr/share/java/jayatanaag.jar
/usr/share/java/jayatanaag.jar: cannot open `/usr/share/java/jayatanaag.jar' (No such file or directory)

me@my:~$ sudo apt-get install jayatana
Чтение списков пакетов… Готово
Построение дерева зависимостей
Чтение информации о состоянии… Готово
Следующие пакеты устанавливались автоматически и больше не требуются:
linux-headers-4.2.0-27 linux-headers-4.2.0-27-generic linux-image-4.2.0-27-generic linux-image-extra-4.2.0-27-generic
Для их удаления используйте «apt-get autoremove».
НОВЫЕ пакеты, которые будут установлены:
jayatana
обновлено 0, установлено 1 новых пакетов, для удаления отмечено 0 пакетов, и 14 пакетов не обновлено.
Необходимо скачать 41,4 kБ архивов.
После данной операции, объём занятого дискового пространства возрастёт на 88,1 kB.
Получено:1 http://de2.archive.ubuntu.com/ubuntu/ wily/main jayatana amd64 2.7-0ubuntu4 [41,4 kB]
Получено 41,4 kБ за 31с (1.315 Б/c)
Выбор ранее не выбранного пакета jayatana.
(Чтение базы данных … на данный момент установлено 321789 файлов и каталогов.)
Подготовка к распаковке …/jayatana_2.7-0ubuntu4_amd64.deb …
Распаковывается jayatana (2.7-0ubuntu4) …
Настраивается пакет jayatana (2.7-0ubuntu4) …

me@my:~$ file /usr/share/java/jayatanaag.jar
/usr/share/java/jayatanaag.jar: Java archive data (JAR)

The idea was restarted of course.

While long answer is Pending approval, in short: reinstalled - no effect.

Could you put -javaagent:/usr/share/java/jayatanaag.jar at the end of  bin/idea64.vmoptions

or set 

export JAVA_TOOL_OPTIONS=-javaagent:/usr/share/java/jayatanaag.jar

it was in  ~/.IntelliJIdea2016.1/idea.vmoptions 

and if this is written to the log:

JVM Args: -Xbootclasspath/a:/opt/idea/bin/../lib/boot.jar -javaagent:/usr/share/java/jayatanaag.jar -Djb.vmOptionsFile=/home/me/.IntelliJIdea2016.1/idea64.vmoptions -XX:ErrorFile=/home/me/java_error_in_IDEA_%p.log -XX:HeapDumpPath=/home/me/java_error_in_IDEA.hprof -Djb.restart.code=88 -Didea.paths.selector=IntelliJIdea2016.1 -Didea.jre.check=true

then it's correctly picked up, isnt' it?

Looks like there is something specific in your system because I'm unable to reproduce the problem on my Ubuntu 15.10. What particular distribution do you have. Is Unity your window manager?

Yes,  I have standard install from ubuntu.org and didn't do anything special with it. Alhtough it survived couple of distro updates, probably from 14.10, so there could be stale config.

Is there anything I can do to give you more input? Maybe  turn on some logging?

Could you run the following menu demo with the jre from your log 

/opt/idea-IU-145.258.11/jre/jre/bin/java -javaagent:/usr/share/java/jayatanaag.jar  -jar demo.jar

but no output, was it supposed to write log?

No, It just checked the functionality of jayatana itself. Looks like it does not work. Could you also run the demo with Oracle JDK.

same with oracle jdk. So it looks like it's something wrong with jayatana and/or ubuntu. Thank you for helpming!

You're welcome!