scope settings do not show some directories

Hello,
Using PhpStorm 2016.2.1 with laravel 5.4 project I have next root directory
$ ls -l
total 606
drwxrwxrwx 1 root root 4096 кві 21 14:24 app
-rwxrwxrwx 1 root root 1646 кві 17 07:38 artisan
drwxrwxrwx 1 root root 0 кві 17 07:38 bootstrap
-rwxrwxrwx 1 root root 1431 кві 20 18:43 composer.json
-rwxrwxrwx 1 root root 148532 кві 20 18:43 composer.lock
drwxrwxrwx 1 root root 4096 кві 20 18:45 config
drwxrwxrwx 1 root root 0 кві 17 07:38 database
drwxrwxrwx 1 root root 221184 кві 17 07:58 node_modules
-rwxrwxrwx 1 root root 1172 кві 17 07:55 package.json
-rwxrwxrwx 1 root root 1055 кві 17 07:38 phpunit.xml
drwxrwxrwx 1 root root 4096 кві 21 15:44 public
drwxrwxrwx 1 root root 0 кві 17 07:38 resources
drwxrwxrwx 1 root root 4096 кві 21 10:37 routes
-rwxrwxrwx 1 root root 563 кві 17 07:38 server.php
drwxrwxrwx 1 root root 0 кві 20 18:35 storage
drwxrwxrwx 1 root root 0 кві 17 07:38 tests
drwxrwxrwx 1 root root 4096 кві 20 18:44 vendor
-rwxrwxrwx 1 root root 555 кві 17 07:38 webpack.mix.js
-rwxrwxrwx 1 root root 205040 кві 17 07:38 yarn.lock

But opening scope settings I do not see node_modules directory
http://imgur.com/a/9mlZb
and can not exclude its files from scope.

Why and how to fix it ?

Thanks!